芝加哥大学以开放的精神，兼收并蓄地包容了德国威廉·冯·洪堡与英国约翰·亨利·纽曼两种大学理念，建构了独特而卓越的组织、研究和教学理念，在很短的时间内成为美国乃至世界一流大学。芝大的教育观念强调“宏观与实验”精神、注重对纯理论和大师经典学习研究的教学方法，奠定了它在美国教育史上的独特而重要地位 。教学中十分注重培养学生的独立思考精神和批判性思维，鼓励挑战权威，鼓励与众不同的思维方式和观点，培养了众多诺贝尔奖获得者。
教学模式
1) 学生学制
本科生5724人，研究生（硕士+博士）9588人，全球校友约157,000人；芝加哥大学本科生选择毕业后继续深造的比例在全美名列前茅，有15%~20%的本科生通过深造获得了博士学位。芝大第一任校长哈珀首创了季制学期并沿用至今， 一学年分为四季，全年无休的课程制度让学生可以自由的安排学术计划，每分每秒都不被浪费。夏季（六月至八月），秋季（九月至十二月），冬季（一月至三月），春季（四月至六月）。学年通常在九月下旬开始，并在六月月中旬结束。学校在每个季度结束后均组织一次毕业典礼。
2) 教学特色
自哈钦斯任校长以来，学校便以实现通识教育为目标，采取核心基础与专业课程分离的政策 。对于刚进入大学的新鲜人（freshman），在大一大二时必须修毕校方所指定的所有核心课程学分。在2012-2013年，芝大的核心课程每门课堂仅限17名学生，由一名全职教授（而非助教）授课。譬如在2009~2010学年，芝大要求本科生修满15门核心课程，熟练掌握一门外语，通过游泳测试，以及最多三门体育课（根据入学情况）。在修完指定的核心课程学分后，学生在大三大四可以依自己的兴趣与期望，专攻校方所提供的五大系，50个主修专业和28个辅修专业，而学生在日后所获得的校方文凭认定，就是根据他们在大学后两年所专攻的专业领域。芝大的本科课程以苛刻的标准、繁重的学业压力而著称，但芝大也正因此才提供了能令人信服和终身受益的学习经历 。而录取方面，芝加哥大学是美国入学竞争最激烈的大学之一，2015年公布的本科录取率为7.6%[43]
院系设置
芝加哥大学的学术单位主要包括本科学院部（Undergraduate College）、4所研究生院（Graduate Schools）、6所职业学院（Professional Schools）、大学进修部（Continuing Education School）和附属学校等。
1）本科学院部
芝加哥大学本科（Undergraduate College）教育提供50个主修专业和28个辅修专业的理学学士和文学学士。学制四年，大致分为自然科学、生命科学、人文科学、社会科学和新大学学院（交叉学科）五个方向 。
2）研究生院
研究生院（Graduate Schools）分为四个学部，2014年秋季学期共有3468名研究生（博士及硕士） ：
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数理学部 （Physical Sciences Division），1024名研究生（2014年秋）
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天文与天体物理系
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化学系
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计算机科学系
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地球物理系
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数学系
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物理系
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统计系
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生物物理动力学研究所
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计算研究所
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恩里科·费米研究所（Enrico Fermi Institute, 高能物理与天体物理）
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詹姆斯·弗兰克研究所（James Franck Institute, 材料科学与工程）
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史蒂文诺维奇金融数学中心
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生物学部 （Biological Sciences Division），461名研究生（2014年秋）
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人文学部 （Humanities Division），819名研究生（2014年秋）
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社会科学部 （Social Sciences Division），1164名研究生（2014年秋）
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人类学系
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人类比较发展学系
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历史系
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经济系
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政治科学系
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心理系
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社会思想系
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社会学系
3）职业学院
芝加哥大学拥有六所职业学院（Professional Schools） ：
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布斯商学院 （Booth School of Business）
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法学院 （Law School）
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神学院（Divinity School）
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哈里斯公共政策学院（Harris School of Public Policy Studies）
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普利兹克医学院 （Pritzker School of Medicine）
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社会服务管理学院（School of Social Service Administration，SSA）
-法学院
芝加哥大学法学院由捐助者约翰·洛克菲勒始建于1902年，该校自成立以来一直是美国最富声誉的法学院之一 ——2015-16年US NEWS“全美最佳法学院”排名中，芝加哥大学法学院排名第4 。芝大法学院对于社会科学在法学中的运用起到了重要的推动作用，尤其以法律经济学研究中心而著称 。在法学院任教的诺贝尔经济学奖获得者罗纳德·科斯（Ronald H. Coase）和美国联邦第七巡回法院理查德·A·波斯纳法官、弗兰克H.伊斯特布鲁克(Frank H. Easterbrook)法官、丹尼尔R.费舍(Daniel R. Fischel)教授等都是法律经济学的领军人物，法律经济学领域的奠基人、《法律与经济学期刊》创刊人亚伦·戴雷科特（Aaron Director）亦是芝加哥大学法学院著名教授、芝加哥经济学派重要人物之一。 此外，多位美国联邦最高法院大法官、司法部长曾毕业或执教于芝大法学院 。现任美国总统贝拉克·奥巴马从1992年到2004年也在此担任宪法学讲师。美国大学多使用4.0分制或字母分级制，在严峻的就业压力下，大多数美国法学院均出现分数逐渐膨胀甚至取消评分等级的趋势。芝加哥大学法学院因为长期使用一套独有的155~186钟形曲线评分系统而著称。该系统的目的是严格控制评分，避免分数膨胀，保证分数的客观价值 。
- 商学院
芝加哥大学商学院创建于1898年，是美国最知名的商学院之一 ，也是首个授予博士学位和开设EMBA课程的商学院、首个产生诺贝尔奖获得者的商学院 （拥有8位诺贝尔得主 ）。2008年11月芝加哥大学商学院正式将学院改名为芝加哥大学布斯商学院（University of Chicago Booth School of Business）。此次更名是为了纪念“有效市场假说”创立者尤金·法玛（Eugene F. Fama）的弟子、芝大商学院校友大卫·布斯（David Booth）于2008年11月6日捐赠3亿美元 。
芝加哥大学商学院领先采用学系式方法进行商业研究，其方法已经获得其他商学院所效仿。商学院学术独立、教学方法强调理论基础，和哈佛商学院的案例教学形成鲜明比较，各成一派。芝加哥大学商学院的拥有国际知名的教学人员，并且在多项领域拥有一流实力，包括金融、策略、国际商业、企业领导、整体管理、经济、会计、市场行销及其创新的EMBA课程——此课程的校园分设于新加坡、伦敦与芝加哥，参加该课程的学员将在所有三个校园上课。
坐落在新加坡的亚洲校园创办于2000年9月，位于陈旭年宅第（House of Tan Yeok Nee），这是一座经过保留翻新的历史建筑物，建造于1885年，拥有各种先进设施。布斯商学院计划从2014年起在香港开设EMBA课程
- 医学院
芝加哥大学医学院于1927年成立，是芝加哥大学生物科学系的医学博士授予单位，为纪念芝加哥普利兹克家族（凯悦酒店集团的创始人）的慈善捐助而于1968年改名为芝加哥大学普利兹克医学院（Pritzker School of Medicine） 。1989年，著名肝胆外科学家Christoph Broelsch 在芝大医学院成功完成了人类历史上第一台活体肝脏移植手术。
普利兹克医学院在US NEWS 2015~2016年度全美最佳医学院排行榜中位列第10名 。该学院因艾滋病研究、妇女健康和初级护理方面的学术成就而著称。医学院20%的研究生同时辅修大学的其它专业课程，并可获得由芝加哥大学布斯商学院、社会服务管理学院、法学院等联合颁发的学位。普利兹克医学院至今已有11位校友和教师获得诺贝尔生理学或医学奖。
4）附属学校
芝加哥大学实验学校（UChicago Laboratory Schools）由曾任芝大教授的美国教育思想家、实用主义哲学家约翰·杜威于1896一手创办用于美国教育实验学校，是芝大所属的一所全日制综合性私立学校 。学校提供从幼儿教育到小学、初中、高中12个年级的课程教育，很多美国名人均毕业于该校。此外，芝大名下还有四所公立的特许学校以及为残疾儿童开设的海德公园日校。