维也纳大学的8个学院分别为天主教神学院、基督教神学院、法学院、社会经济学院、医学院和从哲学院分出来的3个学院：基础综合学院、语言文学院和自然科学院。
维也纳大学共设110多个专业，排列如下：非洲学，古代史和古代文化学，古犹太哲学和中东考古学，英国语言和文学，美洲学，阿拉伯学，天文学，企业管理，植物学，遗传学，人类生物学，微生物学，生态学，古生物学，动物学，生物学和地球学，生物学和商品学，古外希腊学，生物化学，化学，食品化学，德国哲学，地质学，矿物学和结晶学，石油学，营养学，匈牙利语，法语，地理学，经济学，地图学，历史，历史和社会学，营养学，信息学，国际企业管理，意大利语，艺术史，数学，医学，地球物理学，气象学，音乐学，教育学，音乐教育，药学，教育学和心理学，物理，政治学，心理学，新闻和传播学，大众传媒，传媒艺术，人文学，统计学，普通语言学，应用语言学，戏剧学，翻译教育，比较文学，国民经济等。
重点学科
维也纳大学众学院中最富声誉的是医学院，在本世纪初该院曾位于世界医学之巅峰，成为当时世界医学中心，1914年诺贝尔奖得主罗伯特·巴拉尼，1927年得主尤利乌斯·瓦格内一约莱克、1930年得主卡尔·兰特斯坦纳。1936年得主奥托·罗维和1973年的康拉德·洛伦茨均来自该学院。医学院有教授77名，副教授40位，助教1,077位，工作人员1,023位，学生数达12,782名。该院有69个系和医院，其中内科、实验病理学、生理学、药物学和皮肤病学居世界领先地位。各系研究的课题有骨髓移植、细胞生长规律、恶性肿瘤扩散、移植超速离心机对心脏的作用、人造心脏、有效的康复枣慢性病和病疾新路、癜病研究。器官移植是该院最大的研究项目，早在90年前，维大学者卡尔·兰特斯坦纳就着手研究这一课题。1972年在维也纳成功地移植了人体肝脏，1984年移植心脏和胰腺，1989年移植肺。现在该院移植中心是欧洲最大的肾移植中心，该项目由教授克劳斯·莱希纳尔博士负责。
学学校学制
为了使新生尽快适应大学的生活，维也纳大学采纳了奥地利大学学生会从1976年开始试行的导生制，这种导生制是由1名经过相应培训的高年级或师范专业学生作为导生和12名新生组成一个小组，由这名导生提供广泛的信息和帮助，通过小组活动使这些新生稳定情绪、变他助为自助、增强自决能力，同时帮助他们选定学习课程、讨论职业设想和就业前途，导生活动集中在第一学期。这种活动是高年级的学生根据学生会的总原则而独立组织的，并由学生会给予资助，全国每学期经费达160万先令。这种制度一方向有助于解决“教师少、学生多”的矛盾，另一方向高年级学生可以在工作中得到锻炼，增加经济收入，新生也可以缩短“适应期”有助于提高教学质量。颇受学生好评。
现行的学位制度较之古典学位制度在内容上已有很大不同，形式上依然是三级学位制，分硕士、博士、讲授资格三种学位。
教学科研
根据1966年《普通高年教育法》和《大学组织法》的规定，维也纳大学的培养目标是：使学生接受科学的职业培训，而且获得相当的智能可以独立地完成研究课题，能适应变化的形势，满足新形势提出新的要求。为了达到这个目标，维也纳大学的教学和科研工作形成了自己鲜明的特色：教学科研自由，教学科研相结合。
维也纳大学实行3级管理：学校、系、研究所。1975年为适应现代科技的发展，将传统的5个学系改为8个，系以下169个研究所是集教学、科研、社会服务于一体的基层单位。其教学、科研机构设置如下：
· 天主教神学系 17名教授，14个研究所和1个专业图书馆。
· 基督新教神学系 7名教授，6个研究所。
· 法学系 41名教授，11个研究所和1个专业图书馆。
· 社会与经济科学系 21名教授，6个研究所。
· 医学系 104名教授，67个研究所和专科医院。
· 基础与综合科学系 35名教授，10个研究所。
· 人文科学系 96名教授，30个研究所。
· 形式与自然科学系 104名教授，26个研究所。
维也纳大学的考试制度十分灵活，按考试手段分：有口试、笔试，操作和考试论文；按考试目的分：有对话式口试、补加考试、中期预考、结业考试、文凭学位考试和博士学位的严格考试；按考试性质分：有单科考试和综合考试，综合考试又可能是多科综合或全科综合考试。
考试虽然严格且花样翻新，但学生在选择专业方面亦有充分自由，学生可以同时攻读2个以上专业，既可以在本校就读，亦可到外校选课，校方决不干涉。只要能通过考试就能得到相应的文凭，毕业生在就业市场便可增一份胜算。同时根据学生的申请，经中央批准后，学校可以特别开办具有科学或教育学价值的专业综合课程；根据社会需求，学校可开办各种专业的试验班，因之学生可延长学习年限或中途转学其它专业。
1968年席卷欧洲的学生运动促进了大学的民主改革，大学教学委员会由学校、教师和学生三部分按同样的比例组成委员会，有权制订和修改教学计划、提出课程论置方案、审核学生的选课申请、了解各方面对课程和考试的意见。
在完成普通高等教育的同时，维也纳大学为25—45岁之间的在职者提供“职业成熟考试”，考试包括普通知识和专业知识两部分，普通考试包括一篇一般内容的作文、奥地利历史与地理的口试，专业考试包括一篇专业内容的作文、2门专业笔试及有关的对话，合格者即有资格上大学。同时，维也纳大学积极开展遥授教育，包括函授、电视、广播等教学形式，主要涉及三个方面的内容：一是讲授大学本科部分课程，以减轻学校的负担；二是继续教育课程；三是补习教育课程。
维也纳大学是奥地利最大的科研基地，作为基层单位的169个研究所肩负教学与科研双重任务，大学的科研经费主要靠国家拔款，侧重基础理论研究。八十年代后，由于国家经费不敷使得大学开始加强与实业界的合作，吸引企业投资，主要侧重应用技术方面。在1983年由校长提议成立了科学转让工作组，由各系代表组成，以便协调和组织全校的科学转让工作，使科研成果尽快转化为生产力，古老的维也纳大学在经济大潮焕发出惊人的活力。
2016年QS世界大学专业排名考古学排名50-100